In der landwirtschaftlichen Praxis werden bei Tätigkeiten vor, bei und nach der Ernte unterschiedliche Wasserquellen und -qualitäten verwendet, und jede dieser Wasserquellen und ‑qualitäten hat eine andere Wirkung auf die mikrobiologische Kontamination von frischem Obst und Gemüse. Wasser von ungeeigneter Qualität kann eine unmittelbare Kontaminationsquelle sein und zur Verbreitung einer lokalen Kontaminierung auf dem Feld, in einer Anlage oder während des Transports führen. Wenn Wasser mit frischen Erzeugnissen in Berührung kommt, ist die Qualität des Wassers entscheidend für mögliche Kontaminationen mit Pathogenen. Auf einem Erzeugnis überlebende Pathogene können lebensmittelbedingte Erkrankungen verursachen. Bei Wasser von minderwertiger Qualität sind Enterobakterien besonders häufig (z. B. Salmonella spp., Campylobacter spp., VTEC und Viren (etwa Noroviren)). E. coli wird als typischer Indikator-Organismus für fäkale Kontaminationen genutzt, und erhöhte Gehalte an E. coli können auf eine höhere Wahrscheinlichkeit der Belastung mit Pathogenen hindeuten.

Wenn Beregnungswasser unmittelbar mit den essbaren Teilen der Pflanzen in Berührung kommt, sollte zur Beregnung Wasser von höherer Qualität verwendet werden, da. Außerdem sollte eine Beregnung nur in den frühen Wachstumsphasen der Pflanzen vorgenommen werden. Nach einer Beregnung kann eine Wartezeit bis zur Ernte vorgesehen werden. Dies gilt etwa für alle roh verzehrten Erzeugnisse (Blatterzeugnisse, Salatgemüse, Obst usw.).