Skyr ist ein Frischkäse und wird üblicherweise aus Magermilch durch Säuerung mit thermophilen Milchsäurebakterienkulturen wie Streptococcus thermophilus und Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus und gegebenenfalls mesophilen Milchsäurebakterienkulturen hergestellt.

Ein geringer Zusatz von Lab ist möglich. Der Gehalt an lebenden produktspezifischen thermophilen Keimen beträgt am Ende der Mindesthaltbarkeit mindestens 100.000 KbE pro Gramm.

Zur Herstellung von Skyr kann analog zu den fermentierten Milcherzeugnissen (Abs. 6.1.5) eine Eiweißanreicherung auch vor der Fermentation durchgeführt werden. Der Mindesteiweißgehalt beträgt 8 %. Ein erhöhter Anteil von Molkenproteinen im Gesamteiweiß ist möglich.