Die Kontrollstelle oder -behörde führt mindestens einmal jährlich eine vollständige Kontrolle aller Unternehmen durch. Zur Untersuchung von gemäß dieser Regelung unzulässigen Mitteln oder zur Kontrolle von nicht mit dieser Regelung konformen Produktionsmethoden können von der Kontrollstelle oder -behörde Proben entnommen werden. Proben können auch zum Nachweis etwaiger Spuren von unzulässigen Mitteln entnommen und untersucht werden. Bei Verdacht auf Verwendung solcher Mittel muss jedoch eine solche Untersuchung durchgeführt werden. Über jeden Kontrollbesuch ist ein Kontrollbericht zu erstellen, der von der für die kontrollierte Einheit verantwortlichen Person oder deren Vertreter gegenzuzeichnen ist.

Kontrollbesuche werden nach der Erstkontrolle grundsätzlich unangekündigt durchgeführt.

Darüber hinaus führt die Kontrollstelle oder -behörde angekündigte oder unangekündigte Stichprobenkontrollbesuche auf Basis einer generellen Bewertung des Risikos von Verstößen gegen diese Regelung durch, wobei zumindest die Ergebnisse der vorhergehenden Kontrollbesuche, die Menge der betreffenden Erzeugnisse und das Risiko des Vertauschens von Erzeugnissen zu berücksichtigen sind.