Der Einzelhandel, der Lebensmittel direkt an den Endverbraucher abgibt und diese nicht selbst erzeugt, aufbereitet oder an einem anderen Ort als in Verbindung mit der Verkaufsstelle lagert oder nicht aus einem Drittland einführt, unterliegt nicht dem Kontrollsystem der BIO-VO.

Tätigkeiten des Handels wie die Zerlegung, Verpackung und Etikettierung von Fleisch in Selbstbedienung, Verpackung und Etikettierung von Käse, Backerzeugnissen und Getreide in Selbstbedienung, das Fertigstellen von Backerzeugnissen für den Verkauf stellen nach dem Runderlass des Bundesministeriums für soziale Sicherheit und Generationen, GZ 31.901/5-IX/B/12/02 jedenfalls eine Aufbereitungshandlung im Sinne der Bio-Verordnung dar.

Damit ist auch das Verpacken und Etikettieren von Snackprodukten (z. B. Wurstsemmel) für die Selbstentnahme durch Kunden aus der Selbstbedienungstheke eine Aufbereitung.

Erfolgt keine wesentliche Veränderung des Lebensmittels bis zu seiner Abgabe an den Kunden wird keine Zertifizierungspflicht aus dem Titel der "Aufbereitung" ausgelöst.

Sofern sie im Sinne von Abs. 3.3 unmittelbar vor der direkten Abgabe an den Endverbraucher in dessen Anwesenheit erfolgen, fallen folgende Tätigkeiten nicht unter Aufbereiten. Gegenüber dem Konsumenten sollte der Hersteller des entsprechenden zertifizierten Bioproduktes kommuniziert werden.

• Das Zusammensetzen eines Gerichtes aus fertig zubereiteten Komponenten (z. B. Wurstsemmel).
• Salate, die in Bedienung an der Feinkosttheke abgegeben werden sowie Salate, die vom Kunden in Selbstbedienung an der Salatbar entnommen werden, werden im Einzelhandel üblicherweise fertig zubereitet angeliefert. Damit werden diese nicht im Einzelhandel aufbereitet; es werden Komponenten portioniert.
• Das Pressen von Obst und Gemüse zur Gewinnung von Säften zur unmittelbaren Abgabe zum Verbrauch ist keine Aufbereitung. Erfolgt zusätzlich eine Abfüllung und Etikettierung liegt eine Aufbereitung vor.

Das Mahlen von Getreide, Kaffee, Mohn, Nüssen auf Wunsch des Kunden nach dessen Erwerb ist keine Aufbereitung, sondern eine Dienstleistung.