Landwirtschaftliche Betriebsmittel einschließlich organischer Düngemittel (z. B. Gülle, Flüssigmist und Klärschlamm) und anorganischer Düngemittel (chemische Düngemittel) sind sehr vielfältig. Düngemittel sollten jeweils nur in der Menge ausgebracht werden, die für die Erzeugung von frischem Obst und Gemüse tatsächlich benötigt wird. Da dieser Leitfaden sich weitgehend auf mikrobiologische Gefahren für die Lebensmittelsicherheit beschränkt, werden anorganische Düngemittel nicht weiter berücksichtigt. Werden organische Düngemittel zugekauft, müssen sie den gesetzlichen Vorgaben entsprechen.

Organische Düngemittel werden häufig und wirksam genutzt, um den Nährstoffbedarf von frischem Obst und Gemüse zu decken und die Fruchtbarkeit von Böden zu verbessern. Die unsachgemäße Verwendung kann jedoch eine Quelle sowohl mikrobiologischer Kontaminationen (z. B. durch Salmonella spp., VTEC und Noroviren) als auch chemischer Kontaminationen sein (z. B. durch Schwermetalle). In Gülle und in anderen natürlichen Düngemitteln können Pathogene enthalten sein, die Wochen oder sogar Monate überleben können, insbesondere wenn die betreffenden Materialien nicht angemessen behandelt wurden.

Das Risiko, dass für die menschliche Gesundheit schädliche Pathogene in Gülle, Klärschlamm oder sonstigen organischen Düngemitteln überleben, kann durch physikalische, chemische oder biologische Behandlungsverfahren (z. B. Kompostieren, Pasteurisieren, Wärmetrocknung, UV-Bestrahlung, alkalischen Aufschluss oder Sonnentrocknung oder durch eine Kombination dieser Methoden) reduziert werden.

Organische Düngemittel sollten keine mikrobiologischen, physikalischen oder chemischen Kontaminationen in einem Umfang enthalten, die die Sicherheit von frischem Obst und Gemüse beeinträchtigen könnte. Beim Einsatz dieser Düngemittel müssen die maßgeblichen Rechtsvorschriften bzw. Leitlinien zur sicheren Verwendung in der Landwirtschaft berücksichtigt werden (siehe z. B. Richtlinie für die sachgerechte Düngung).